home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Otherware / Otherware_1_SB_Development.iso / mac / misc / chemistr / ballstck.cpt / A Quick Guide to B&S 3.0 next >
Encoding:
Text File  |  1991-10-05  |  4.1 KB  |  101 lines
  1. Quick Guide to
  2. Ball & Stick 3.0 Demo
  3.  
  4. System Requirements
  5. Ball & Stick  will run on Macintosh Plus and later models. All features are
  6. fully functional in the demo version with the following limitations:
  7. 40 atoms per file and printed pages are superimposed with a banner.
  8. Ball & Stick  requires system 6.0.2 or later. For color, system 6.0.5 or later
  9. with 32-bit QuickDraw is recommended. To use the demo movies HyperCard version
  10. 2.0 or later is recommended.
  11. Ball & Stick 3.0 is System 7 compatible.
  12.  
  13. Dealing with HyperCard stacks
  14. When you open the MovieMaker demos, clicking the mouse will start and stop the
  15. animation.
  16. To quit from HyperCard stop the animation and enter
  17. Command Q  (Apple/Clover key and Q key at same time).
  18.  
  19. Installation Procedure
  20. Ball & Stick is easy to install:
  21. 1. Lock the original disk (if it is not locked already).
  22. 2. Copy all of the files to a folder on your hard disk.
  23. 3. Move the folder marked Put contents into system folder into your system
  24. folder. This contains the files B&S.settings and B&S.lib.  There are some
  25. sample settings files for you to try in the settings examples folder. The
  26. settings file is used to load the default program settings and atom definitions
  27. at startup time.
  28.  
  29. Startup
  30. Double-click on the Ball & Stick application icon. You will be prompted to open
  31. a coordinate file. Choose one of the files from the data examples folder. After
  32. you have started the application, you may open files from the file menu. You
  33. may have two files open at one time.
  34.  
  35. To introduce you to Ball & Stick here are a few operations for you to try.
  36.  
  37. Rotating the molecule
  38. Select the Transform menu and Rotate(mouse).
  39. Hold down the mouse inside the circle and drag to rotate.
  40. Select Rotate around axis and choose an axis. This rotation may be repeated by
  41. pressing the <enter> key.
  42.  
  43. Selecting atoms
  44. You may highlight an individual atom by clicking on it with the mouse. To
  45. select more than one, hold down <shift> key while clicking on   the atom.
  46. Double-click on a selected atom to display the control window.
  47. This gives quick access to the following commands:
  48.    rotation
  49.    xy-translation
  50.    xz-translation
  51.    distance change (2 or more atoms selected)
  52.    angle change(3 or more atoms selected)
  53.    torsion change  (4 or more atoms selected)
  54. +  zoom-in
  55. -  zoom-out
  56.  
  57.  
  58. Display Model
  59. Change the type of display to whatever you prefer from the Model menu. The
  60. overlay skeleton, labelling and depth-shading may be toggled on and off.
  61.  
  62.  
  63. Customizing
  64. Use View menu to customize the background in Change Background. Change to black
  65. by dragging the cursor down the vertical bar. Obtain a full-screen image with
  66. Full Screen option.
  67. The menu bar appears when you click the mouse in the menu region.
  68. Try customizing the size, color and depth of shading of each of your atoms from
  69. the View menu.
  70.  
  71. Real-time operations
  72. Obtain a stereo image with the Stereo View option. Set up a series of rotations
  73. with the File menu Rotation Animation option. Select the number of rotations
  74. required and set to Screen Only. Select degree of rotation and watch you stereo
  75. image rotate.
  76.  
  77. Clipping
  78. Return to a single image (by selecting Stereo View again) and rotate the
  79. molecule with the mouse (Transform menu) until it appears end on (looking into
  80. the screen). Select View menu Front & Back Clipping to obtain a set of images
  81. from three angles. Drag the grey areas until you have isolated a small section
  82. of the molecule and select. You will now have a clipped region which you can
  83. easily manipulate. This is useful for dealing with large molecules. To perform
  84. several manipulations without updating the image each time you can first select
  85. Freeze Display.
  86.  
  87. Build up your molecule
  88. Using the Build menu, you can add new atoms to your molecule or join fragments
  89. from the library. Select a group of atoms (at least 3) first and a box will
  90. appear asking for the bond length, angle and torsion required. A more extensive
  91. library is supplied with the full version and you can add your own structure to
  92. it.
  93.  
  94. Import files
  95. To see what types of file format you can import go to File, Import and view the
  96. options. Among these you will find the Cambridge Structural Database and
  97. Protein Structure Databank (Brookhaven) formats.
  98.  
  99.  
  100.  
  101.